думаю, вероятность этого события: 1/3*(50%+40%+20%)  

Конечно, счет-фактуру надо выставлять тому, кому оказана услуга. Однако, для вас счет-фактура будет основанием включить сумму платежа в облагаемый оборот по НДС. Поэтому если вы ошибочно выставите ее на другое лицо, к ответственности вас не привлекут. А вот для этой организации ваша фактура не будет являться основанием для вычета по НДС, поскольку нет документов, позволяющих этой организации отнести на расходы вашу услугу. Поэтому если очень просят, можете указать в счет-фактуре организацию. Вам за это ничего не будет, только предупредите, что эта счет-фактура не даст им право на вычет, поскольку для вычета необходимо оприходовать ТМЦ, или отнести на расходы услугу, т.е. оформить договор и акт-сдачи-приемки работ на эту организацию.  

   Ольга Макарова, всё, что вы написали про порядок использования счетов и попытки налоговой обложить 13% доход, приходящий на личный счет физического лица — верно. 

   Но если договор-основание для перечисления средств составлен с ИП, четко подпадает под его зарегистрированную деятельность, то очевидно, что доход должен облагаться 6% а не 13% независимо от формы оплаты: нал, безнал, взаимозачет, р/с, личный счет или что-нибудь другое. 

  Налоговая может указать на нарушение, но доначислить налог не может, особенно, если эти доходы указаны в декларации по УСН. Любой суд отменит подобные начисления. Думаю, и в вашей реальной ситуации ИП не пришлось доплачивать налог.

  А штраф за использование другого счета в деятельности ИП не предусмотрен. Можно постараться наложить штраф за несообщение об открытии счета, но и это сложно, особенно если счет физ лица был открыт задолго до регистрации ИП, и в момент открытия не требовалось сообщать об этом в УФНС. 

 Т.е. ответ на вопрос, какой счет лучше ипользовать — зависит от конкретной ситуации. Если ИП на 6%, оказывает услуги и со счета снимает только свой доход — можно и счет физлица использовать. А если ИП 15% и со счета нужно делать платежи, которые пойдут в расходы — то здесь без расчетного счета не обойтись — банк откажется их проводить со счета физ лица. 

Я свой счет физлица уже 8лет использую в деятельности ИП, плачу с этого счета налог 6% в УФНС, и никаких вопросов ни разу не возникало.

   Можете получать деньги и на счет физлица. Только ваши контрагенты не должны писать в платежках ИП, иначе банк может не зачислить вам деньги. 

    Я 8 лет так работаю.