флешка - вопрос №357977

возможно дело в размере кластера, если у Вас много мелких файлов

у любых Fat ограниченное количество кластеров, как следствие, при росте размера тома, растет и размер кластера, а место под файл выделяется целым числом кластеров

на пример при размере кластера 32Кб и размере файла 8Кб, он займет на диске 32Кб физического пространства и обьем данных записаных на флешку будет примерно как в Вашем случае

попробуйте exFat (риск несовместимости со старыми ОС)

или NTFS (может оказаться заметным снижение производительности за счет повышения надежности файловой системы)

еще одной причиной могут быть вирусы, дополнительная проверка ни когда не будет лишней

используйте специальные одноразовые бесплатные средства для перекрестной проверки
они не конфликтуют с установленным антивирусом
support.kaspersky.ru/viruses/avptool2011?level=2
www.freedrweb.com/livecd/?lng=ru