взыскание заработной платы

предлагаю так: 1. предложить директору сначала оплатить, а потом вы заберете свое заявление из труд инспекции. 2. Факт недостачи нужно подтвердить документально, провести служебное расследование, установить виновных, доказать их виновность. Кроме того, я так понимаю у вас не было договора, следовательно, нет и договора о полной материальной ответственности, без него получить с вас деньги будет затруднительно. 3. Про встречный иск: в деле о взыскании заработной платы встречный иск может быть основан только на тех обстоятельствах, что вам была излишне уплачена заработная плата. а все другие исковые требования суд как встречные не примет, работодателю понадобится подавать на вас отдельный иск, что вообщем-то затратно, и скорее всего никто этого делать не будет. 4. Про налоги: работодатель запугивает вас совершенно необоснованно, т.к. оформлять на работу, платить заработную плату и соответствующие отчисления в ПФР, ФСС и налоговыю это прямая обязанность работодателя. с вас могут удержать только 13 % НДФЛ, а все остальные выплаты в гораздо большем размере плюс, пени и штрафы будут взысканы с работодателя, кроме того за нарушение сроков выплаты заработной платы в оответствии со ст.  236 Трудового кодекса нодлежат начислению проценты, а также согласно ст. 327  Трудового кодекса вы можете потребовать возмещение компенсации морального вреда за задержку выплаты, так что «встречного» иска бояться  абсолютно не стоит.  Скорее всего, они просто вычтут сумму этой так называемой недостачи из причитающихся вам при увольнении выплат, но а что доказать свою правоту, можно писать заявления в прокуратуру, трудинспекцию, и в конце концов в суд. 

Валерия, не переживайте, в Вашем случае уклоняться от уплаты налогов можно только получая з/п в конверте, естественно от таких вещах работодатель промолчит даже если они были. Так же в Вашем случае договориться полюбовно должно означать, что Вам все выплачивают после чего вы забираете заявление. Работодатель может подать в суд только, по вопросам возмещения ущерба, для этого с вами должен быть заключен договор полной мат. ответственности и еще рад нюансов. То что касаемо налогов и иска работодателя в пользу государства — не обращайте на это внимание, а отсутствие заявления о переводе это скорее его проблема чем Ваша

Судя по всему взаимодействие с Трудовой инспекцией уже дало первые положительные результаты, мой совет не сдавайтесь и у Вас все получиться.