интерфей сата3 в 2 раза быстрее, но маленький секрет в том, что скорость сата3 прокачивают на полную SSD, а обычные механические харды редко превышают сата2, и то не особо значительно
второй (и совсем не маленький) секрет, состоит в том, что если к примеру материнка тупо не понимает сата новее чем сата1 — все будут работать на скорости сата1 (а это в 2 раза медленее чем сата2)
оба диска SATA, 2 и 3 имеют один и тот же механический разъем и полностью совместимы (различия в максимальной скорости передачи данных, см тут ru.wikipedia.org/wiki/SATA)
если у вас действительно отличаются разъемы — или модели перепутали, или что то отломано, или что то еще не так