А Вы как хотели ?
При звонках и СМС-ках, разрыв интернет соединения обязательно будет. потому и остановки наблюдаете, в Ватсапе, т.к. сама программа работает, по каналу Интернет GPRS ...., а СМС и звонки GSM ..., и всё одновременно у Вас включено на одном номере, т.е. одной и той же симке.