Рунете такой сервис — orfogrammka.ru проверят не только орфографию, грамматику, стилистику, но и пунктуацию не только находит ошибки, но и объясняет причину со ссылкой на соответствующее правило. Наилучшим вариантом остается приложение Офиса — Microsoft Word, который пусть не всегда на 100%, но пунктуацию проверяет .