Простой способ. Отключить проверку для диска, который постоянно проверяется.
Это можно сделать двумя способами через реестр или через командную строку, кому как удобней.
Открываем реестр. В Windows Vista, 7, 8 запускать от имени Администратора.
Переходим в раздел реестра
HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControl\SetControl\Session Manager
Находим параметр BootExecute – значение по умолчанию autocheck autochk * , т.е. проверяются все диски. Меняем значение на autocheck autochk /k:C * , если нужно отключить проверку диска C.
Для отключения проверки диска с помощью командной строки открываем командную строку. В Windows Vista, 7, 8 запускать от имени Администратора.
В командной строке пишем: chkntfs C: /x – в данном случае отключаем проверку диска C