Плата за что-либо (требует винительного падежа) «плата за газ»
Оплата чего-либо (требует родительного падежа) «оплата проезда»
В Вашем случае лучше «оплатить наложенным платежом» (не наложенный платеж оплатить, а оплатить наложенным платежом. Сравните: оплатить наличными)
Или даже лучше: выплатить наложенный платеж. Варианты выплаты наложенного платежа