невыдача заработной платы

Извините, но утверждение о том, что Вы фактически три года не получали заработную плату, но работали, выглядит просто бредом. В любом случае, исходи из описанной вами ситуации, надо немедленно подать жалобы в прокуратуру и Гострудинспекцию о невыплате заработной платы и незаконных удержаниях, а также о фальсификации платежных документов — Ваших подписей в расчетных ведомостях. 

Здравствуйте! Администрация Вашей организации явно не права, более того здесь имеет место нарушение трудового законодательства.  Если администрация включила  в трудовой договор условие об обучении, то в соотвествии со ст.198 ТК РФ должен быть заключен ученический договор.

Статья 198. Ученический договор

Ученический договор с работником данной организации является дополнительным к трудовому договору.

За время обучения (если оно, действительно, проводилось),  Вам должны были выплачивать стипендию. И вообще работодатель должен доказать, что обучение проводилось за его счет.

При увольнении с Вами должны произвести полный расчет: выплатить заработную плату, компенсацию за неиспользованный отпуск. Производить удержания из заработной платы работодатель может только в следующих случаях:

-для возмещения неотработанного аванса, выданного работнику в счет заработной платы;

-для погашения неизрасходованного и своевременно не возвращенного аванса, выданного в связи со служебной командировкой или переводом на другую работу в другую местность, а также в других случаях;

-для возврата сумм, излишне выплаченных работнику вследствие счетных ошибок, а также сумм, излишне выплаченных работнику, в случае признания органом по рассмотрению индивидуальных трудовых споров вины работника в невыполнении норм труда (часть третья статьи 155 настоящего Кодекса) или простое (часть третья статьи 157 настоящего Кодекса);

-при увольнении работника до окончания того рабочего года, в счет которого он уже получил ежегодный оплачиваемый отпуск, за неотработанные дни отпуска. Удержания за эти дни не производятся, если работник увольняется по основаниям, предусмотренным пунктом 8 части первой статьи 77 или пунктами 1, 2 или 4 части первой статьи 81, пунктах 1, 2, 5, 6 и 7 статьи 83 настоящего Кодекса.)

 Работодатель вправе принять решение об удержании из заработной платы работника не позднее одного месяца со дня окончания срока, установленного для возвращения аванса, погашения задолженности или неправильно исчисленных выплат, и при условии, если работник не оспаривает оснований и размеров удержаний. 

Обратитесь с заявлением в прокуратуру или в Гострудинспекцию. Можете сразу в суд. Для обращения в суд не пропустите 3-х месячный срок.

Всего доброго и удачи!