Добрый день! В данном случае возможен взаимозачет.
Но в случае, если налог с продажи будет выше налогового вычета при покупке новой квартиры, то Вам необходимо будет уплатить разницу. Если же сумма налогового вычета будет больше суммы налога, то Вы можете подать девларацию на получение налогового вычета на сумму разницы.
13% при продаже необходимо высчитывать с суммы, превышающей 2 000 000 руб. Это и будет сумма налога.
Налоговый вычет при покупке новой квартиры, положен в размере 13-ти %-в с суммы покупки, но не более чем с 2 000 000 руб. (т.е. максимальная сумма вычета 260 тыс. руб.).